2011年4月，根據(jù)《國務(wù)院辦公廳關(guān)于印發(fā)建立和規(guī)范政府辦基層醫(yī)療衛(wèi)生機構(gòu)基本藥物采購機制指導(dǎo)意見的通知》（國辦發(fā)〔2010〕56號）和《云南省深化醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革領(lǐng)導(dǎo)小組辦公室關(guān)于印發(fā)云南省2011年國家基本藥物和省補充藥品集中采購實施方案的通知》（云醫(yī)改辦〔2010〕39號）的精神，為進(jìn)一步規(guī)范云南省基本藥物采購藥款支付工作，保證基本藥物采購藥款支付體系安全、可靠、有效運行，實現(xiàn)對基層醫(yī)療衛(wèi)生機構(gòu)基本藥物采購藥款的統(tǒng)一支付，為人民群眾提供安全有效、價格合理的基本藥物，云南省衛(wèi)生廳、省財政廳、省人力資源和社會保障廳、省監(jiān)察廳、省審計廳、省招標(biāo)采購局制定印發(fā)了《云南省基本藥物集中采購藥款支付保障暫行辦法》（以下簡稱《保障暫行辦法》）。
    《保障暫行辦法》中明確了各相關(guān)職能部門以及醫(yī)療機構(gòu)在基本藥物集中采購藥款支付中的職責(zé)。省級衛(wèi)生行政部門是我省基本藥物集中采購的主管部門，負(fù)責(zé)對全省基本藥物集中采購藥款支付過程進(jìn)行監(jiān)督和指導(dǎo)，協(xié)調(diào)解決衛(wèi)生系統(tǒng)付款中出現(xiàn)的問題；各州（市）級衛(wèi)生行政部門負(fù)責(zé)對轄區(qū)內(nèi)基本藥物集中采購藥款支付工作的領(lǐng)導(dǎo)，督促指導(dǎo)各縣級衛(wèi)生行政部門履行工作職責(zé)； 縣級衛(wèi)生行政部門負(fù)責(zé)撥付新型農(nóng)村合作醫(yī)療基金中用于基本藥物采購的藥款，并收取轄區(qū)內(nèi)的基層醫(yī)療衛(wèi)生機構(gòu)采購基本藥物的藥款，匯總后向省招標(biāo)采購局支付藥款。財政部門負(fù)責(zé)合理安排、及時撥付新型農(nóng)村合作醫(yī)療、城鎮(zhèn)居民基本醫(yī)療保險等基本醫(yī)療保障經(jīng)費，并加強基本藥物集中采購資金的監(jiān)督管理。人力資源和社會保障部門負(fù)責(zé)撥付城鎮(zhèn)職工基本醫(yī)療保險和城鎮(zhèn)居民基本醫(yī)療保險基金中用于基本藥物采購的藥款。監(jiān)察部門負(fù)責(zé)對衛(wèi)生部門、財政部門、省招標(biāo)采購局、人力資源和社會保障部門、基層醫(yī)療衛(wèi)生機構(gòu)在基本藥物采購藥款支付過程中的履職行為進(jìn)行監(jiān)督和檢查，對違紀(jì)違規(guī)行為進(jìn)行責(zé)任追究。審計部門負(fù)責(zé)對省招標(biāo)采購局、縣級衛(wèi)生行政部門和基層醫(yī)療衛(wèi)生機構(gòu)的基本藥物采購情況進(jìn)行審計，保證專款專用。省招標(biāo)采購局是基本藥物集中采購的責(zé)任主體，負(fù)責(zé)履行基本藥物采購的職能，并督促藥品供貨企業(yè)按照購銷合同及時供貨并配送到位?；鶎俞t(yī)療衛(wèi)生機構(gòu)負(fù)責(zé)按照相關(guān)要求和規(guī)定執(zhí)行基本藥物制度，及時準(zhǔn)確地將上年度使用基本藥物清單提交給同級衛(wèi)生行政部門、人力資源和社會保障部門，對采購的基本藥物進(jìn)行網(wǎng)上確認(rèn)及驗收入庫，并將基本藥物采購藥款及時支付給縣級衛(wèi)生行政部門。
    《保障暫行辦法》中針對基本藥物集中采購制度實施啟動初期，基層醫(yī)療衛(wèi)生機構(gòu)墊付藥款資金不足的情況，采取提前預(yù)撥的形式，確保基層醫(yī)療衛(wèi)生機構(gòu)能夠及時支付藥款，并于年終結(jié)算時予以清算。具體規(guī)定是：由縣級衛(wèi)生行政部門、財政部門從新農(nóng)合基金中按參合人數(shù)人均10元的標(biāo)準(zhǔn)預(yù)付藥款，待收到基層醫(yī)療衛(wèi)生機構(gòu)藥款后及時予以歸還。預(yù)付的藥款必須于2011年 9月30日前全部予以歸還。
    《保障暫行辦法》中對我省基本藥物集中采購藥款支付的程序和方法提出了要求。具體程序為：縣級衛(wèi)生行政部門作為各縣范圍內(nèi)基層醫(yī)療衛(wèi)生機構(gòu)的代表和主體，代表轄區(qū)內(nèi)的基層醫(yī)療衛(wèi)生機構(gòu)與采購機構(gòu)簽訂授權(quán)或委托協(xié)議，匯總本縣的采購訂單向省招標(biāo)采購局支付基本藥物采購藥款。省招標(biāo)采購局作為采購主體按照授權(quán)和委托協(xié)議規(guī)定，向各縣衛(wèi)生部門收取藥款、接受采購訂單，代表基層醫(yī)療衛(wèi)生機構(gòu)與供貨企業(yè)簽訂購銷合同，負(fù)責(zé)基本藥物的集中采購工作，經(jīng)基層醫(yī)療衛(wèi)生機構(gòu)收貨確認(rèn)后，將各基層醫(yī)療衛(wèi)生機構(gòu)基本藥物采購藥款統(tǒng)一支付給藥品供貨企業(yè)。《保障暫行辦法》還明確了基層醫(yī)療衛(wèi)生機構(gòu)、縣級衛(wèi)生行政部門、藥品供貨企業(yè)以及省招標(biāo)采購局的違約責(zé)任。